在电子信息时代，电子商务成为中小企业成败的关键。“没有电子商务，企业就只能等待死亡!”或许有些偏激，但确实是企业发展壮大的基本。但在中小企业运用电子商务的过程中，会遇到一些问题，影响到中小企业的电子商务的实施。
首先，对电子商务认识不足的问题
许多中小企业管理基础落后，领导信息化意识不强，也没有充分认识到知识经济时代抢占信息市场的重要性。或者对如何开展电子商务理解比较片面，如认为电子商务就是上网，或简单地建一个网站，而相关的管理基础却没有跟上，企业的电子商务仅停留在表面的网站建设上。因此中小企业不但在观念上要重视电子商务，而且要了解电子商务的实质，不宜盲目跟风。
此外，电子商务不单是一个企业的事情。中小企业供应链的管理能力欠缺，如何和供应链的核心企业合作，借助其平台或第三方共享交易平台开展业务也是中小企业开展电子商务的重要话题。
其次，设施落后的问题
中小企业使用互联网和参与电子商务的程度参差不齐。据统计，目前参与电子商务的企业仅为22.3%，在众多的行业用户中，汽车行业、电子行业和贸易行业等信息化建设水平较高。但在这些领先的行业，电子商务的应用也极不平衡，很多网站都不成熟，如网站建设目的不明确，不知道目标用户是谁，不能反映出企业的形象，网站功能简陋，用户找不到自己需要的信息，用户的咨询也常常得不到回复等。有些企业虽然建立了网站，但过于关注于传统业务，网站利用率极低，甚至成为一个空壳。
由于资源有限，许多中小企业需要把主要精力集中放在业务上，难以投入足够的资源进行信息化建设。但中小企业普遍对采购、生产、库存、销售、财务和人事等方面的应用有一定需求，应用服务提供商模式ASP就成为中小型企业开展电子商务的选择。就目前ASP的发展情况而言，由于观念、安全等方面的因素影响，ASP在国内的发展并不让人满意。
再次，执行不力的问题
由于中小型企业管理者还未充分认识到电子商务给企业发展，营销手段带来的革命性变化，因此对人才的培养没有足够的重视，导致电子商务人才的匮乏。中小型企业开展电子商务既要技术又要人才，但这方面的人才在大企业也不是很充裕。专业人员的不足，电子商务模式缺乏创新，导致中小型企业缺乏网络经营的经验，电子商务的优越性表现不出来，许多中小型企业涉足电子商务心有余力不足。